Index

A

apply_filters() (DARTassembler.src.metalig.ligandfilters.LigandFilters method) archetype (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) archetype_confidence (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

archetype_rssd (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) AssembledComplex (class in DARTassembler.src.assembler.isomer) AssembledIsomer (class in DARTassembler.src.assembler.isomer) Assembler (class in DARTassembler.src.assembler.assembler)

B

BaseDB (class in DARTassembler.src.metalig.db) BaseModule (class in DARTassembler.src.modules.modules)

BaseMolecule (class in DARTassembler.src.metalig.mol) bond_order_graph_hash (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property)

C

composition_filter() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) Concat (class in DARTassembler.src.modules.modules)

Configs (class in DARTassembler.src.modules.modules) count_bond_types() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) count_C_H_bonds() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method)

D

DARTassembler.src.assembler.assembler module DARTassembler.src.assembler.isomer module DARTassembler.src.metalig.db module DARTassembler.src.metalig.ligandfilters module DARTassembler.src.metalig.mol module

DARTassembler.src.misc.cli module DARTassembler.src.modules.modules module DBInfo (class in DARTassembler.src.modules.modules) donor_elements (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) donor_metal_planarity (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) donor_planarity (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) donor_positions (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

F

from_dict() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand class method)

from_json() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB class method)

G

generate_isomers() (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledComplex method) geometric_isomers_hapdent_idc (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) get_all_effective_ligand_atoms_with_effective_donor_indices() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_all_interatomic_distances_flat() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_ase_atoms() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_ase_atoms_with_metal() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_concat_xyz_string() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB method) get_coordinates() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_csv_info() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_df() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB method) get_graph_fragments() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_graph_hash_with_metal() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_graph_with_metal() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method)

get_heavy_atoms_graph_hash_with_metal() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_interatomic_distances() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_isomers_effective_ligand_atoms_with_effective_donor_indices() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_ligand_archetype_and_isomers() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_metal_symbols() (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledIsomer method) get_reindexed_graph() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) get_smiles() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) get_sub_db() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB method) get_xyz_string() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) graph_hash (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) graph_hash_with_metal (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

H

hapdent_idc (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) has_all_bond_orders_valid (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) has_bond_order_attribute (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property)

has_confident_charge (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) has_unknown_bond_orders (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) heavy_atoms_graph_hash (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) heavy_atoms_graph_hash_with_metal (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

I

is_2D_symmetrical (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

is_haptic (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

L

Ligand (class in DARTassembler.src.metalig.mol)

LigandDB (class in DARTassembler.src.metalig.db) LigandFilters (class in DARTassembler.src.metalig.ligandfilters)

M

max_ligand_extension (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) metal_counts (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) metal_os_counts (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) min_interatomic_distance (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) module DARTassembler.src.assembler.assembler DARTassembler.src.assembler.isomer DARTassembler.src.metalig.db DARTassembler.src.metalig.ligandfilters DARTassembler.src.metalig.mol DARTassembler.src.misc.cli DARTassembler.src.modules.modules

N

n_atoms (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) n_beta_hydrogens (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_bonds (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) n_denticities (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_donors (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

n_eff_denticities (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_haptic_atoms (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_haptic_groups (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_hydrogens (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property) n_ligand_instances (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) n_protons (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property)

P

parent_complex_id (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) parent_metal (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) parent_metal_position (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property)

parents_filter() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) planarity (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) property_filter() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method)

R

round_positions() (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledIsomer method) run() (DARTassembler.src.assembler.assembler.Assembler method) (DARTassembler.src.metalig.ligandfilters.LigandFilters method) (DARTassembler.src.modules.modules.BaseModule method) (DARTassembler.src.modules.modules.Concat method) (DARTassembler.src.modules.modules.Configs method) (DARTassembler.src.modules.modules.DBInfo method)

run_batch() (DARTassembler.src.assembler.assembler.Assembler method) run_from_cli() (DARTassembler.src.assembler.assembler.Assembler class method) (DARTassembler.src.metalig.ligandfilters.LigandFilters class method) (DARTassembler.src.modules.modules.BaseModule class method) run_from_yaml() (DARTassembler.src.assembler.assembler.Assembler class method) (DARTassembler.src.metalig.ligandfilters.LigandFilters class method)

S

save_filtered_ligands_output() (DARTassembler.src.metalig.ligandfilters.LigandFilters method) save_to_concat_xyz() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB method) save_to_csv() (DARTassembler.src.metalig.db.LigandDB method) save_to_file() (DARTassembler.src.metalig.db.BaseDB method)

smarts_filter() (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method) smiles (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) smiles_with_metal (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand property) stoichiometry (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule property)

T

to_dict() (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledComplex method) (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledIsomer method) (DARTassembler.src.metalig.db.BaseDB method) (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method) (DARTassembler.src.metalig.mol.Ligand method)

U

update_positions() (DARTassembler.src.assembler.isomer.AssembledIsomer method)

V

view_3D() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method)

view_graph() (DARTassembler.src.metalig.mol.BaseMolecule method)